Mehr noch als die Epitaphe des Chorraums zeigen die Grüfte der Stadtkirche, wie nah für die Menschen vergangener Jahrhunderte Tod und Leben zusammen gehörten. Ursprünglich gab es insgesamt vier Grabräume unter der Kirche: die seit 1687 genutzte Landgrafengruft im südlichen Teil der Kirche, die Grabstätten für Darmstädter Adel, Prominenz und Superintendenten unter dem Nordschiff und im Gewölbe unter der Turmhalle sowie die sogenannte „Fürstengruft“ unter dem Chorraum. Nur diese letztgenannte, älteste Gruft ist heute noch öffentlich zugänglich. Landgraf Georg I., Begründer des Hessen-Darmstädter Fürstenhauses, ließ sie 1576 für Beisetzungen der Fürstenfamilie anlegen. In zwei Räumen finden sich hier neben den Särgen Georgs I. ( 1596) und seiner beiden Ehefrauen Magdalena (
1587) und Eleonore (
1618) die Grabstätten vierzehn weiterer Landgrafen und -gräfinnen, Prinzessinnen und Prinzen. Zwei Messingkapseln, die an der Decke des vorderen Raumes befestigt sind, enthalten die Herzen der Hessenprinzen Georg und Philipp (beides Söhne Ludwigs VI.), die im Ausland ums Leben kamen.